人民军医出版社于1950年10月经中央军委批准建社，是我国成立最早的中央级大型医学专业出版社，由解放军总后勤部主管，总后勤部卫生部主办。

1950年9月，军委批准出版全军性的医药卫生方面的专门杂志——《人民军医》。军委卫生部决定以“人民军医社”名义公开出版医学图书，编辑出版工作由军委卫生部教育处编译出版科承办。黄树则任教育处处长，鲁敏之任编译出版科科长。1950年5月创刊的军委卫生部机关报《卫生建设》的编辑出版工作由编译出版科负责。10月，朱德总司令为《人民军医》杂志题写刊名；同月《人民军医》杂志创刊号出版

1953年，军委卫生部教育处编译出版科扩编为总后勤部卫生部编译出版处，黄树则任处长，鲁敏之任副处长；5月，《护士与卫生员》杂志创刊；1954年4月，总后勤部卫生部编译出版处改编为军事医学编译出版社，杨锡光任社长；1956年，朱德元帅第二次为《人民军医》杂志题写刊名；2月，《卫生建设资料》出版。1957年，军事医学编译出版社改称人民军医出版社；1960年12月，刘民英任人民军医出版社社长；1964年1月，总政治部批准出版《解放军医学杂志》1964年2月中共中央宣传部批准出版《解放军医学杂志》；1964年，陈毅元帅为《解放军医学杂志》题写刊名；1964年5月，《解放军医学杂志》创刊号出版；1966年8月，《解放军医学杂志》休刊，11月，《人民军医》杂志休刊。

1999年3月，中央军委委员、总后勤部部长王克上将为解放军卫生音像出版社题词：“搞好卫生音像服务，促进部队官兵健康”；2004年12月，中国科技出版委第五期简报向全国科技出版社转发我社的建设改革经验——建设国内一流的医学出版强社；2006年8月，《中国图书商报》对全国517家出版社综合实力进行排序，人民军医出版社跻身总排行前50名。

2010年7月，9月13日，总后勤部政委孙大发上将为人民军医出版社成立60周年题词：“开拓创新，服务军民”。

人民军医出版社建社60多年来，人民军医出版社出版了万余种医学专著、教材教辅、生活保健类图书。目前，年出新书近千种，年发行码洋近3亿元。百余种图书分别获得中国出版政府奖、中华优秀出版物奖、解放军图书奖等各类奖项，近百种图书被国外、境外出版商购买版权。先后出版了国家出版基金项目《中国医学院士文库》、由卫生部委托中华医学会组织全国近4000名权威专家编写的《临床技术操作规范》、由卫生部委托中国医院协会编写的《中国国家处方集》、中华医学会组织编写的医学高级教程系列以及从国际知名出版公司爱思维尔引进的《坎贝尔骨科手术学》(第12版)等国家级和国际权威著作。以《手术学全集》系列、《实用骨科学》、《超声医学》等为代表的一批专著已经在国内医学出版界形成公认品牌，在骨科、口腔、医学影像、超声、护理学、中医、考试用书、医学科普等领域形成多个优势板块。

人民军医出版社2007年、2013年两次被评为“中国出版政府奖先进出版单位”

2008年被评为全国新闻出版系统“抗震救灾先进单位”

2009年被评为“全国百佳图书出版单位”

2010年被评为“全国科普工作先进集体”

2013年被评为“数字出版转型示范单位”、“2012～2013年度数字出版创新企业”